农业自动气象站的正常运行需要一个综合电子设备系统，正常的运行下需要计算机处理系统、数据采集器以及风向风速、温度、湿度、地湿、雨量等气象传感器的相互配合，每个构建都是重要组成部分，数据的处理采用计算机，数据的接收采用自动采集器，通过通讯系统进行数据传输、保存。在整个运行系统中在室内安装的有数据采集器和计算机系统，在室外安装的系统设备包括各个气象要素的传感器。每个设备的安全都会影响自动气象站的正常运行，因此需要加强对自动气象站雷电防御工作的重视，以确保自动站设备的安全和系统的正常运行。
大部分都由农业自动气象站数据采集设备（通常所说的自动气象站）和数据接收处理中心两部分组成自动气象站系统。农业自动气象站数据采集设备主要有传感器单元、连接电缆、数据采集器、供电单元和通讯单元五个部分组成。自动气象站是通过微处理器进行实时控制和采集处理的。随着气象要素的变化，各个相应传感器输出的电量也产生变化，这种变化由数据采集器采集，并进行线性化和定标处理，实现工程量到要素的转换，对数据进行质量控制；通过预处理后得出各个气象要素的实时值，再传输到主控微机，并实时显示。
农业自动气象站数据采集是通过传感器获得的，由于数据的传输是微电流信号，所以经过采集器到计算机的信号对电磁环境十分敏感。恶劣的电磁环境会严重影响信号的传输乃至使信号失真。从传感器到采集器，再从采集器到计算机，传输线一般>40 m，而且数据传输线与电源线、接地线等是处在几乎相同的电磁环境，相互之间存在一定的影响。作为测风用的风传感器一般距离地面的高度在10 m～12 m以上，是所有传感器中容易收集雷电信号的部件，而且数据传输线很难做到电磁屏蔽。现行设计的农业自动气象站信号采集器虽然设置了防雷模块过滤可能的雷电信号，但由于是参照程控电话防雷的参数设计，事实上不能很有效地防雷，大多数的雷击个例已说明问题。尽管后来设计的采集器从室外移至室内，但传感器和传输路径和环境并没有发生变化，因此采集器的采集核心在雷电信号面前仍然敏感和脆弱。
